SMK - SMAK Bogor menerapkan sistem pembelajaran 60% praktik dan 40% teori. Meskipun sistem pembelajaran menitikberatkan pada pembelajaran praktik tetapi tidak serta merta menomor duakan proses pembelajaran teori. Untuk menunjang proses pembelajaran teori SMK - SMAK Bogor telah menyediakan fasilitas penunjang berupa ruang belajar teori sebanyak 40 kelas. Setiap ruang belajar memiliki kapasitas maksimal 36 orang dan dilengkapi dengan Air Conditioner (AC), Proyektor, Smart TV, dan Whiteboard sehingga cukup nyaman untuk berlangsungnya proses pembelajaran teori. Ruang belajar yang nyaman diharapkan dapat mempermudah dan mempercepat proses transfer pengetahuan.