Masjid Al-Fanar SMK - SMAK Bogor bertempat di dalam area SMK - SMAK Bogor. Masjid tersebut berada di area yang strategis karena berada di samping gedung pembelajaran dan tempat parkir kendaraan. Masjid Al-Fanar adalah salah satu tempat ibadah yang berada di SMK - SMAK Bogor yang biasa digunakan untuk menjalankan kewajiban kita sebagai seorang muslim dan menjalankan sunnah Rasulullah Shallallahu ‘Alaihi Wa Sallam. Masjid Al-Fanar disahkan pada tahun 2024. Masjid tersebut bukan hanya untuk menjalankan kewajiban dan sunnah sebagai orang muslim tapi sering digunakan dalam kegiatan pendukung keagamaan, kegiatan pembelajaran praktik Agama Islam dan acara keagamaan lainnya. Masjid Al Fanar SMK-SMAK Bogor memiliki 2 lantai, lantai bawah khusus untuk ikhwan dan lantai atas khusus untuk akhwat. Di dalam masjid tersebut terdapat beberapa fasilitas yaitu tempat wudhu ikhwan, tempat wudhu akhwat, toilet ikhwan ,toilet akhwat, kipas angin, mimbar, lemari Al-Qur’an, mukena, dan karpet serta rak untuk menaruh alas kaki.

Pengelolaan masjid Al-Fanar dikelola oleh DKM dan ekskul Rohis SMK - SMAK Bogor. DKM masjid Al-Fanar diketuai oleh Faiz Mubarrok, S.Pd.I. Masjid Al-Fanar memiliki agenda tahunan yang diselenggarakan oleh DKM dan ekskul Rohis yakni Maulid Nabi, Qiyamu Ramadhan, Isra Mi’raj, dan Kurban. Selain agenda tahunan, terdapat pula agenda rutin yang dilaksanakan di dalam Masjid Al Fanar SMK-SMAK Bogor yaitu , BTQ (Bimbingan Tahsin Qur’an), SWS (Sharing With Syiar), BTQ Akbar, kegiatan bersih-bersih masjid dan sholat berjama’ah.